Setelah melalui suatu proses panjang, yaitu 12 tahun, pada akhirnya dalam Sidang Sinode Terbatas tahun 1996, PPA GKJ diterima dan disahkan sebagai suatu dokumen gerejawi yang bersifat mengikat. Meneruskan tradisi lama, semua pejabat gereja, tatkala diteguhkan dalam jabatan (tua-tua dan diaken) atau ditahbiskan (pendeta) membubuhkan tanda tangan mereka sebagai pernyataan dan janji bahwa dalam melakukan tugas jabatan gerejawi serta menjalani hidup sehari-hari mereka akan setia berdasarkan Alkitab seperti yang diterangkan dalam PPA GKJ tersebut.[1])
4. Penyederhanaan dan penyempurnaan sebagian isi PPA GKJ
Sejak dipergunakannya PPA GKJ mulai tahun 1996, timbul reaksi positif dan negatif dari lapangan. Ada yang berpendapat bahwa PPA GKJ 1996 ini telah memenuhi kebutuhan “masa kini”-nya GKJ, dan sudah sesuai untuk menjawab tantangan-tantangan yang konkret dari konteksnya. Ada pula yang berpendapat bahwa cara penyajiannya sangat akademis, sehingga warga yang berpendidikan sederhana mengalami kesulitan untuk memahami.
Masalah seperti ini merupakan hal yang wajar dalam proses. Usul-usul dan saran-saran ditampung oleh Sidang-sidang Sinode pasca 1996, dan dibentuk Tim guna menampung sumbang saran untuk kesempurnaan PPA GKJ.
Dalam Sidang Sinode Antara GKJ Tahun 2000 (Artikel 54), Sidang memutuskan menugasi Deputat Keesaan untuk membentuk Tim Revisi PPA GKJ dengan tugas:
1. Menyempurnakan sebagian isi.
2. Menyerderhanakan bahasa.
3. Menterjemahkan ke dalam bahasa Jawa (krama madya)
4. Menyusun buku penjelasan.
Tim tersebut terdiri dari: Pdt. Simon Rachmadi, M.Hum. (Ketua), Pdt. Aris Widaryanto, S.Th. (Sekretaris), Pdt. Broto Semedi Wirjotenojo, S.Th., Pdt. P. Pudjaprijatma, S.Th., Pdt. Djimanto Setyadi, S.Th, dan Pdt. Drs. Siman Widyatmanta, M.Th.
Dalam Sidang Sinode XXIII GKJ di Wonogiri Tahun 2002, Deputat Keesaan melaporkan bahwa Tim yang telah dibentuk tersebut belum dapat menyelasaikan tugasnya. Oleh karena itu Sidang kembali menugasi Deputat Keesaan untuk mengangkat Tim Revisi PPA GKJ yang baru dengan tugas yang sama (Artikel 23).
Personalia Tim terdiri dari: Pdt. Andreas U. Wiyono, S.Th. (Ketua), Pdt. Aris Widaryanto, S.Th. (Sekretaris), Pdt. Sularso Sopater, D.Th., dan Pdt. Bambang Mulyatno, M.Si. Adapun hasilnya dilaporkan dan dibahas dalam Sidang Sinode Non-Reguler GKJ di Bandungan – Ambarawa tahun 2005.
5. Kesinambungan dan perubahan
GKJ melanjutkan pilihan untuk berjalan pada jalur tradisi reformasi gerejawi Abad 16. Walaupun Katekhismus Heidelberg telah diganti oleh PPA GKJ 1996, namun inti ajaran Katekhismus Heidelberg tetap dipelihara dalam PPA GKJ, yaitu bahwa keselamatan manusia itu hanya karena anugerah Allah (sola gratia), melalui Kristus saja (solo Christo), yang diterima hanya melalui iman (sola fide), sumber ajaran gereja hanyalah dari Alkitab (sola scriptura).
GKJ dalam kemandirian untuk menjawab tantangan konteks konkretnya serta perubahan zaman dan kebudayaan yang dialaminya, mengembangkan pemikiran baru dalam mengambil sikap terhadap agama dan kepercayaan lain yang ada di sekitarnya. Mengenai perkembangan IPTEK, GKJ menyadari bahwa mustahil untuk mendesak para warganya yang sebagian adalah para ilmuwan untuk “percaya tanpa bertanya”, sehingga perlu mengembangkan sikap secara baru. Sementara itu sebagai bagian dari bangsa dan negara Republik Indonesia yang sedang berkembang dan membangun jati-diri, GKJ juga menentukan pokok-pokok sikapnya terhadap negara secara kritis.[2])
6. Pendekatan
Dalam penyusunannya PPA GKJ memilih pendekatan soteriologis (berkenaan dengan keselamatan). Dari awal sampai akhir pokok mengenai keselamatan sangat ditekankan. Hal tersebut dapat kita temukan dari kata-kata kunci: selamat, keselamatan, dan kata-kata yang bertautan dengan keselamatan yang tersebar di seluruh dokumen ini. Misalnya : warga gereja sebagai orang yang sudah diselamatkan, kesempurnaan keselamatan, penyelamatan Allah, Allah Sang Juru Selamat, karya penyelamatan-Nya, penghayatan keselamatan, sejarah penyelamatan Allah, kondisi tidak selamat, tidak mampu menyelamatkan diri, asas-asas penyelamatan Allah, masa penyelamatan, mempertahankan keselamatan, perjalanan keselamatan, tanda-tanda penyelamatan, terpelihara keselamatannya, diselamatkan oleh penyelamatanNya dan sebagainya.